Одно из старейших европейских поселений на Кубе — город был основан 19 января 1514 года Диего Веласкесом де Куэльяром. Изначально он размещался на реке Туинуку, в районе современного Пуэбло-Вьехо, но в 1522 году был перемещён на 8 км на реку Яябо, к своему современному местоположению.
В 1970 году Санкти-Спиритус представлял собой центр сельскохозяйственного района с населением 58 тыс. человек.
К началу 1980х годов Санкти-Спиритус представлял собой важный промышленный центр на стыке животноводческого и табаководческого районов с населением свыше 70 тыс. человек. Здесь развивались пищевая (особенно мясо-молочная), кожевенная и табачная промышленность.
