Баракоа является старейшим городом Кубы — основан в 1511 – 1512 годы испанским конкистадором Диего Веласкесом.
В 1518 – 1522 гг. он был главным городом Кубы, затем пришел в упадок и его значение вновь стало расти только после переселения французских колонистов с острова Гаити в 1791 году.
В 1891 году население города составляло 3 тыс. человек, он являлся центром торговли тропическими фруктами.
В дальнейшем, город стал центром самого важного в стране района производства какао. После Кубинской революции в Баракоа с помощью ГДР была построена шоколадная фабрика и город стал главным центром производства шоколада на Кубе.
В 1965 году численность населения составляла 13 тыс. человек. В это время Баракоа представлял собой экономический центр и порт на берегу Атлантического океана, основой экономики являлись экспорт бананов, кокосовых орехов и других тропических фруктов, рыболовство, производство шоколада и кокосового масла.
В 1970 году численность населения составляла 21 тыс. человек, основой экономики являлись пищевая промышленность, производство стройматериалов и рыболовство.
В июле 2017 года город Баракоа сильнее всех остальных городов страны пострадал от урагана «Мэттью».
